2016 年是“十三五”開局之年，是全面深化水利改革承上啟下的重要一年。為深入貫徹落實中央全面深化改革有關工作部署，加大水利重點領域和關鍵環節改革攻堅力度，根據《中央全面深化改革領導小組2016年工作要點》和《水利部關于深化水利改革的指導意見》，水利部制定印發了《水利部深化水利改革領導小組 2016年工作要點》（水規計[2016]87號），共包括10個方面改革舉措。
一是加快水行政管理職能轉變。制定出臺水利部簡化整合投資項目涉水行政審批實施辦法，推進投資項目涉水行政審批事項分類合并實施；建設水利部行政審批監管平臺，與企業投資項目審批監管平臺等實現對接；提出水利部公共服務事項目錄；開展水行政管理領域“雙隨機”抽查試點。
二是推進水資源管理體制改革。完成2015年度最嚴格水資源管理制度考核工作；實施水資源消耗總量和強度雙控行動，出臺水效領跑者引領行動實施方案和合同節水管理實施意見；出臺關于加快推進規劃水資源論證工作的意見，推動建立國家水資源督察制度；發布實施一批用水定額國家標準，制定用水效率標識管理辦法；制定第二批國家鼓勵的工業節水工藝、技術和裝備目錄，編制完成節水型社會建設“十三五”規劃；出臺水功能區監督管理辦法和關于進一步加強入河排污口監督管理的意見；出臺水利部關于加強流域綜合管理的指導意見。
三是建立健全水權制度和水價機制。制定水流產權確權試點方案；加快推進水權制度建設，研究出臺水權交易暫行辦法；基本完成53條跨省主要河流水量分配方案制訂工作；出臺關于加強水資源用途管制工作的指導意見；出臺《關于推進農業水價綜合改革的意見》。
四是加強水生態文明制度建設。進一步推進水生態文明建設，加快編制出臺全國水生態文明建設工作指南、水生態文明城市建設評價導則和江河湖庫水系連通技術指南，做好水生態文明城市建設試點和創建工作；開展科學確定河流生態流量試點；配合制定耕地、草原、河湖修養生息規劃；配合開展自然資源資產負債表編制試點工作，研究制定水資源資產賬戶存量及變動表編制技術要求。
五是建立嚴格的河湖管理與保護制度。實行河湖水域岸線、河道采砂等河湖保護分區管理，開展中央直管河湖管理范圍劃界工作；研究制定河湖管理督查意見，開展河湖管理督查；積極推進河湖管護體制機制創新試點，出臺“河長制”指導意見。
六是完善水利投入穩定增長機制。進一步加大各級政府對水利的投入力度，優化投資結構；落實金融支持水利建設政策，聯合農發行出臺關于用好抵押補充貸款資金支持水利建設的文件，協調有關金融機構增加水利貸款投放；深入開展鼓勵和引導社會資本參與重大水利工程建設運營第一批試點，制定政府和社會資本合作建設重大水利工程操作指南。
七是深化水利工程建設和管理體制改革。出臺關于促進水利建設市場公平競爭維護水利建設市場秩序的實施意見，建立公開開放透明的水利建設市場規則，著力清除市場壁壘、地方保護和不正當競爭；出臺推進水利工程建設項目電子招標投標工作的指導意見，建立部級評標專家庫，制定評標專家庫管理辦法；繼續推進水利工程管理體制改革，指導各地全面推進小型水利工程管理體制改革；出臺關于建立水利安全生產責任、隱患排查治理和事故處置督導三項制度的意見及水利生產安全事故隱患判別標準；分別出臺節水供水重大水利工程建設質量監督巡查工作制度和安全巡查工作制度。
八是創新農村水利發展機制。研究制定深化農田水利改革的指導意見；深入推進農田水利設施產權制度改革和創新運行管護機制試點；對在貧困地區開發水電占用集體土地的，試行給原住居民集體股權方式進行補償，探索對貧困人口實行資產收益扶持機制。
九是健全基層水利管理體制機制。進一步加強基層水利服務體系建設；鼓勵農民用水合作組織規范發展；繼續加大對建立健全基層水利服務機構及基層防汛抗旱、灌溉排水、農村供水、水土保持、水資源管理等專業化服務組織的指導和支持力度。
十是強化水利法治建設和科技創新。配合做好國務院審議《農田水利條例》的準備工作和《大中型水利水電工程建設征地補償和移民安置條例》修訂工作，大力推進《節約用水條例》立法進程，加快推進地下水管理、河湖管理與保護等方面的前期立法工作；研究提出進一步加強水利科技創新的指導意見。
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